جمهورية كينيا بتمتع بعدد من الانهار و البحيرات، فبها نهرين مهان و رئيسيّان مميزين، هما :
نهر آثي وجزئه الشرقي يسمى بـ نهر جالانا، والثاني نهر وتانا، و هذا النهران ينبعان من الأراضي المرتفعة بكينيا ، وهما يعبران حتى يصبنا في المحيط الهندي.
ويوجد في اقصى الشمال من البلاد بحيرة تيركانا وهي أيضاً تسمى في كينيا بـ بحيرة رودلف ، وتبلغ مساحتها 6.405 كم²، وهى تمتد في جزئها الشمالي حتى تصل إلى جمهوريّة أثيوبيا، ويوجد في الجزء الغربي في جمهوريّة كينيا بحيرة فيكتوريا وهي تجري داخل أراضي الكينية بمساحة قدرها 3.780 كم².